刘秀在河内郡站稳了脚跟，他决定要除去在邺郡的谢躬，吴汉又被派去打了前站。
吴汉趁谢躬出城去对付王校农民军的时候，秘密地去拜访了同在邺城的魏郡太守陈康，他把大道理向陈康一摆，陈康立刻便接受了。陈康迅速地控制了谢躬的部将和家小，在谢躬返回邺城之时，吴汉和岑彭的伏兵齐出，合力生擒了谢躬，于是，河北的大部分的地区，都归入了刘秀的版图。
刘秀便亲率大军北上，去继续征讨铜马、王幡等农民军，以便彻底地安定北方。
铜马农民起义军，是一支人数众多的农民起义军，他的人数多的时候，也达到了三十多万个人。因此，它是赤眉军、绿林军以下的，最大的一支农民起义的队伍，声势非常浩大。但他它有一个特点，它一直在中国河北的北方活动，从未进入过中原一步。因此，它从来也没有参与过逐鹿中原。
但刘秀是要逐鹿中原的，他如果要逐鹿中原，那铜马起义军便成了他的最大的后顾之忧了。
就在刘秀准备出兵北上的时候，更始帝任命的常山郡太守邓晨，带了一千多弓弩手和粮草辎重，以及南阳郡冠军人杜茂、南阳郡棘阳人马成，也从千里外赶来追随，但刘秀顾不上与姐夫叙旧了，他只能踏上了征途。
吴汉、耿弇为先锋，刘秀军在元氏大败铜马军，然后乘胜追到了河北的徐水一带。农民军被迫背水一战，反而将汉军冲得满山的溃退，两军短兵相接，军况一片混乱，刘秀被打得往回而逃，不慎被树枝挂到了马下。他退到高高的河岸上，眼看无路可逃了，一名骑兵连忙把自己的战马让给了刘秀，但刘秀仍然很镇静，他笑着对身后的耿弇说：“差点让贼兵笑话了。”耿弇指挥手下的几十个骑兵，左右地冲杀着，终于杀出了一条血路，刘秀方才得以脱险。
汉军大队撤了回来，怎么找也没有找到刘秀，便都以为他已经死了。吴汉站出来激励着大家说：“大家努力，萧王的侄子还在南阳，还怕没有主公吗？况且萧王身负重命，怎么会轻易死了，昆阳大战，三千骑冲入了是四十二万的大军，他还不是照样安然无恙吗？”大家才定了定心神，但是等了不多一会儿，刘秀就回来了，大家这才放下心来。但农民军也不知道汉军的虚实，趁夜向北逃去了。
刘秀便率军尾随追击，在渤海郡的安次县，又斩首了数千人，农民军又继续逃亡到幽州地界，吴汉、耿弇、陈俊、马武等将兵分合进，接连在潞县、平谷又大败了敌军，从而，基本歼灭了河北的大部分的农民军。
在南线上，刘秀派冯异出兵河东。冯异采用了攻心的战术，他给洛阳的李轶写了一封信说：“我听说明镜可照形，博古可通今，微子离殷入周，项伯叛楚而归汉，周勃废少帝而迎文帝，霍光废昌邑而立宣帝，这些都是敬畏天命之兴废存亡，立万事功业的明智之举，即使更始帝坐稳了江山，季文你与他关系疏远，岂能长保富贵？如令长安混乱，赤眉军兵临而大臣背叛，已经是分崩离析、纲纪扫地的了。萧王甘冒霜雪、经营河北。目前已英雄云集、百姓风靡。上右的圣王也不过如此，你如果能够觉悟，弃暗投明是正当此时，等到大军压境悔之晚矣。”
李轶当年曾鼎力支持刘秀起义，后来又设计害死了刘縯，是一个典型的反复无常的小人。这正是冯异重点策反他的原因所在，李轶急忙回信说：“我本与萧王共谋大事，早已结成生死之交，现在我守洛阳，冯将军守孟津，我们占据了天下的中杻，二人同心、其利断金，希望将军能把我的意思上达萧王，我愿意出谋划策、辅国安民。”冯异把书信转给了刘秀，因路途遥远，书信传递期间，李轶便不再与冯异为敌。
冯异趁机攻克了天井关和上党郡两座城池。解除了北面的后顾之忧。又在下游渡过了黄河，拿下了虎劳关以东的十三个县，在黄河的南岸建立了桥头堡。更始军一部前来收复失地，都被冯异一、一地击退了，但李轶还是按照约定，从不进行救援。
刘秀接到书信之后，却忘不了李轶主谋杀兄长的大仇，便把李轶的来信，公之了于众。
洛阳的朱鲔得到了消息，大怒之下派人刺杀了李轶，然后派苏茂渡河攻击温县，但冯异和寇荀合兵一处，冲出迎击苏茂，苏茂军被一冲而散、伤亡惨重，汉军乘胜追击到了洛阳，全副武装地绕城一周，从此以后，洛阳的守军连大白天都关紧了城门，再也不敢出城北门一步了。