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在原本的历史上，康熙元年九月，满清朝廷任命瓜尔佳·穆里玛为靖西将军，马佳·图海为定西将军，那穆都鲁·赖塔为前锋营统领率领八旗兵汇合四川总督李国英，提督郑蛟麟；湖广总督张长庚，提督董学礼；陕西提督王一正等先后出兵二十四万多人围攻夔东十三家。经过三年激战，刘体纯、袁宗第、郝永忠等人先后失败。到康熙三年八月五日，夔东农民义军的最后一位首领有“小老虎”之称的李来亨部众受到十万清军围攻，“虎帅”将金银财宝分与众将士，令部下分散突围逃命，他自己则在茅麓山全家自焚，实现了自己“永不降清”的豪言壮语。夔东不愧是农民武装，虽然失败了，但是在民族大义面前能够杀身成仁，舍生取义，表现出了崇高的民族气节。
茅麓山之战后，中国大陆上再也没有“明”旗了。康熙朝的头四年怕也真是满清天命到来的时刻。李定国、郑成功、李来亨、张煌言先后离开人世，轰轰烈烈的反清斗争基本落下帷幕。只剩下不正经的郑经也就是郑锦还在中国台湾苟延残喘。不过，让人欣慰的是，不可一世的满洲八旗的辉煌，也随着大明抗清最后的余晖而一起沉降。
满洲八旗的鼎盛期一去不返，从元气到精神、作战能力都再未恢复到过去的状态，开始走向漫长的衰落。而满清的统治更多是依仗其较强的政治才能和领悟力在危机中延续下去。康熙十二年，三藩乱起，满洲八旗军队又一次次败在吴三桂、郑氏军队的手下，以至清廷不得不主要依靠绿营为平乱主力。同吴三桂交手的主战场上，满洲主力畏战、消极避战成了家常便饭。即使在福建面对衰落的郑氏势力，竟也是惨败连连。
甚至在海澄之役中演出了离奇一幕：
被围于海澄的满军和城外救援的满洲大兵，竟互相消极推诿，连逃命都不积极。
此次满洲援兵的主帅，正是当年在厦门覆师的正白旗巴牙喇甲喇章京赖塔。面对人数并不多的郑军，他竟无胆力战解围，只对城里的统帅正蓝旗副都统、列议政大臣穆赫琳“再三移文令其杀出。”
穆赫林一伙回应竟是“我等何须力战？赖塔等兵甚多，彼若不救我等，其罪大矣！”
如此风范，真比解放战争中的国民党军队还不如。最终，明郑军攻克海澄，穆赫林自杀，数千满洲精锐或死或投降，全被尽歼。城外的镶红旗参领兼二等轻车都尉达色，也自知救援不力，畏罪自杀。明郑军挟胜利余威，继续进军，游骑十余人竟敢纵横于泉州郊外，肆意和挑衅性的在满清大营外指点窥探，而满洲八旗竟畏敌如虎，龟缩巢中不敢出城，创下了汉满战争史上的新纪元。
满洲八旗的无能，深深震动了少年康熙，直到三藩乱平后，康熙仍心有余悸的感慨“幸赖天地祖宗之灵”，“倘若再延数年，将若之何？！”也就是说，康熙自己都对为什么胜利而心里没底，但唯独明白一件事：清廷其实并无胜利把握。
历史上满洲八旗持续衰落，而在李存真穿越的这个时空里满洲八旗和蒙古八旗根本就不是衰弱的问题而是已经快要寿终正寝了。满蒙是联合在一起的，蒙古八旗备受信任。当日后的孝庄皇太后博尔济吉特·布木布泰的心腹爱将章佳·达素率领满洲八旗精锐开赴厦门战场打算给国姓爷郑成功来个“摧枯拉朽”的时候，北京的太后和皇帝的安全就留给蒙古八旗保卫。其实，满清的蒙古兵一共有十一个旗，但是有三个旗九千多人直接隶属满洲八旗麾下，这才有了蒙古八旗。从这里也可以看出满蒙确为一体。
但是此时，蒙古八旗也受到沉重打击。顺治时蒙古八旗一共有佐领即牛录一百一十七个，半分佐领五个，到雍正时候才增加到二百零四个。每个牛录二百人计算，顺治时蒙古八旗共有两万四千人。但是，经过淮安之战和坐天山之战，蒙古八旗损失了一半以上。
历史上，两百年后，太平天国横扫满洲八旗如摧柘拉朽，捻军则同满蒙铁骑进行了中国历史上最后一次汉胡骑兵大会战，也以汉人的完胜告终。这些都是在清廷的政治优势面前一个个烟消云散的。