就是尼古拉进行军事改革的时候，中亚的战事也发展到了关键的时候。
简单说一下中亚的情况，提起沙俄征服中亚就不得不提到两个人的名字，康斯坦丁·彼得洛维奇·考夫曼与米哈伊尔·斯科别列夫，前者统治了中亚土耳其斯坦近20年之久，后者被称为“中亚征服者““中亚屠夫”
在两人的配合下，沙俄从1867年开始了在中亚扩张的道路，1868年占领撒马尔罕，同年时布哈拉汗国成为俄国的保护国，1873年，又占领了希瓦汗国，夺取了汗国阿姆河以北的全部领土，1875年又占领了浩罕汗国(Кокандскоеханство)，又于1876年将其兼并，改为费尔干纳省。
在这期间斯科别列夫镇压了浩罕民族大起义，几万人被消灭，斯科别列夫有一句名言是“在中亚，和平的长久与短暂是与你对敌人的屠杀直接成正比的，我认为这确是一条定理。对他们打击得越凶狠，他们就安分得越长久。”
暂且不讨论斯科别列夫的行为，但后世的情况证明了土库曼确实被斯科别列夫杀怕了，在历史上直到沙俄解体也没有再发生大的叛乱，但仇恨的种子也就此埋下了。
历史的进程由于尼古拉的到来发生了改变，亚历山大二世未被刺杀，身为亚历山大二世教子的斯科别列夫没有被罢免兵权，也就没有患病，虽然考夫曼总督虽然在1882年过世了，但斯科别列夫还活着。
之后由于英国的强烈反对及占领区尚未稳定，俄国暂时停止了在中亚的扩张步伐。
1883年底，尼古拉在高层会议中重申了中亚保持对印度威胁对于沙俄的重要性，正好也从英国传来了非洲苏丹马赫迪起义军大胜英军的消息，之后亚历山大二世命令俄军继续在中亚挺近。
俄军在斯科别列夫的率领下于1884年1月攻占了通往伊朗和阿富汗的枢纽，土库曼人的最后一座重要城镇梅尔夫城。1884年2月俄军攻占了位于阿富汗边境库什卡河谷中的库什卡离。
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1884年4月，5挺伊热夫斯克（Izevsk）兵工厂手工打造的重机枪和20把配备瞄准镜新式步枪终于运到了部队中，尼古拉十分厚脸皮的将它们取名为IZ1884型重机枪(伊热夫斯克就是后世生产AK47的兵工厂，很早就存在了)和莫辛1884步枪。
这批装备和弹药是尼古拉好不容易凑出来的，用几百匹骆驼从里海沿岸运到中亚部队中的，与它们一起到来的还有近50名近卫军官兵、总参谋部派来的随行人员、沙皇特使阿里汉诺夫与尼古拉的一封信。
由于斯科别列夫是亚历山大二世的教子，而尼古拉是亚历山大二世指定的继承人，所以尼古拉也就没有顾忌，在信中详细的叙说了自己的打算，一定要占领库什卡离（已完成目标），至于赫拉特则看情况而定。
尼古拉的建议是不要直接占领阿富汗地区的领土，他将阿富汗形容为帝国坟场，英国都失败了两次，直接占领成本太高，俄国要利用巴拉克宰王朝内部的争端，寻找代理人，最好从对俄国友好的希尔·阿里汉的直系后代中寻找，以期推翻对英国友好的现任埃米尔-阿米尔·拉赫曼汗的统治。
另外尼古拉还详细的介绍了IZ1884型重机枪和新式步枪，描述了它的优缺点，让斯科别列夫务必在意。